Het belangrijkste verschil zit in de opvolging van leiderschap na de profeet Mohammed. De soennieten geloven dat de profeet niemand heeft aangewezen. De sjiieten geloven echter dat de profeet heel duidelijk was wie de leider moest zijn over de moslims na zijn dood, Ali ibn Aboe Talib (neef en schoonzoon van de profeet).

Het voornaamste verschil tussen de twee groepen is dat volgens de sjiieten alleen de nakomelingen van Ali Ibn Abi Talib rechtmatige opvolgers van de profeet Mohammed zijn. Volgens de groep die bekend zou komen te staan onder de naam soennieten had Mohammed geen opvolger benoemd. De opvolger van Mohammed heet in de islam de kalief.